A csehszlovák szakemberek a rendelkezésre álló anyagok elemzése alapján megállapították, hogy a hainburgi vízerőműnek súlyos negatív hatásai lennének a Duna és a Morva határszakaszára, valamint az érintett csehszlovák területre. Megépítése egyoldalú lépés, megbontja a Duna komplex hasznosítására kialakult terveket, amelyek kidolgozásánál a Nemzetközi Duna-bizottság munkáiból indultak ki. A hainburgi vízerőmű felépítése sérti a Csehszlovákia által 1957 óta követett építési koncepciót a Duna és a Morva folyón.
Az új megoldásnak az lesz a következménye, hogy ezen a szakaszon nem sikerül kialakítani a vízerőművek összefüggő rendszerét, amely teljes mértékben hasznosítaná a csehszlovák–osztrák Duna-szakasz vízenergia-potenciálját, és ezen kívül nem felel meg a Duna-bizottság nemzetközi hajózásra vonatkozó ajánlásainak. A csehszlovák szakemberek elemzéseinek előzetes eredményei szerint, a hainburgi vízerőmű felépítése után alapjaiban kedvezőtlenné válnának a vízgazdálkodási viszonyok a Duna és a Morva határszakaszán, valamint csehszlovák területeken. Lényegesen mélyítik a Duna medrét Hainburg alatt, és emiatt csökken a Duna és a Morva vízszintje. A csehszlovák érdekek ennélfogva kárt szenvednek.
A hainburgi vízerőmű lehetetlenné teszi a csehszlovák részvételt a közös Duna-szakasz vízenergia-potenciáljának felhasználásában, sőt ennek egy részét a leendő vízerőmű használja majd fel. A Duna vízszintjének csökkenése a Morva torkolatánál megbontja az ökológiai egyensúlyt, árt a védőgátaknak és egyéb vízügyi beruházásoknak, továbbá csökkenti a Morva és a Duna mentén levő jelentős területek ivóvíztartalékát. A Duna vízszintjének megváltozása miatt a pozsonyi szakaszon nő a szlovák fővárost fenyegető árvízveszély, és rosszabbodnak a hajózási feltételek a nemzetközi vízi úton.
A csehszlovák fél követeli, hogy az osztrák fél bocsássa rendelkezésre az alapvető műszaki adatokat, amelyek szükségesek, hogy behatóan értékelhessék a vízerőmű felépítésének hatásait a csehszlovák területre, valamint a Duna és a Morva határszakaszára. A csehszlovák–osztrák közös Duna-szakasz kihasználásának kérdése a csehszlovák közvélemény érdeklődésének is előterében áll.
A csehszlovák fél figyelmezteti az osztrák felet, hogy a hainburgi vízerőmű felépítése esetén kárpótlást kér az okozott károkért. A hainburgi vízerőmű költségvetésébe bele kell tehát számítani azokat a beruházási költségeket is, amelyek a vízerőmű Csehszlovákiára nézve negatív hatásainak megszüntetéséhez szükségesek.