Ezután 1897-ig a földmívelésügyi minisztérium szőlészeti és borászati ügyosztályán dolgozott. Eközben 1896-97-ben az egyetem bölcsészeti karának is hallgatója volt. 1896-ban a millenniumi kiállítás szőlészeti részét ő rendezte. 1897-ben szőlészeti és borászati felügyelővé nevezték ki, s egyúttal állami ösztöndíjjal külföldi tanulmányútra küldték, amelyről csak 1901-ben tért haza. Hosszú tanulmányútja alatt egész Közép-Európát és Angliát beutazta, főleg a növénykísérleti állomásokat és botanikai intézeteket tekintette meg. Ugyanakkor több egyetemen növénytani, állattani és geológiai tanulmányokkal foglalkozott. Közben a párizsi Sorbonne egyetemen doktorátust szerzett. Tanulmányútja alatt több botanikai, növénykórtani állomáson és laboratóriumban dolgozott, többek között a híres Pasteur Intézet bakteriológiai kurzusát is hallgatta. Az 1901. évben hazaérkezvén a központi szőlészeti és borászati állomáson és az ampelológiai intézetnél működött. Munkája mellett a budapesti egyetemen matematikai, kémiai és fizikai kollégiumokra járt, hogy ezen területekből is doktorátust szerezhessen. 1904-ben a földmívelésügyi miniszter, ideiglenes minőségben, a Selmecbányán akadémiából főiskolává szervezett intézmény rendkívüli tanárává nevezte ki, és megbízta a Növénytani Tanszék vezetésével. Itt egy elsőrendűen felszerelt tudományos intézetet szervezett meg. 1906-ban rendes tanár lett, s e minőségében működött Sopronban 1933-ig. Selmecbányán nagy gondot fordított a botanikuskertek fejlesztésére, többek között egy modern üvegházat is létesíttetett. Nagy érdeme van abban, hogy a Sopronba való átköltözéskor az értékes növénytani gyűjtemények nem szenvedtek különösebb kárt. Sopronban 1923-tól a Növénytani Tanszékből kivált Növényélet- és -kórtani Tanszéket vezette. 1934-ben – az 1933-ban bekövetkezett, kissé megmagyarázhatatlan soproni nyugdíjaztatását követően – a budapesti Műegyetem Mezőgazdasági Osztályának Növényélet- és kórtani Tanszékére egyetemi nyilvános rendes tanári kinevezést kapott. 1939-1940-ben a Mezőgazdasági és Állatorvosi Kar dékánja, majd prodékánja volt. Budapesten, az ostrom alatt, hosszas betegség után, 1945. január 13-án halt meg. Pályája kezdetén főleg szőlészeti kérdésekkel, így a szőlővessző beérésével, a szőlő elfagyásával, az amerikai szőlőhibridekkel, a szőlőfürtök betegségeivel foglalkozott. Ezek az átlagos problémafejtegetések azonban nem elégítették ki tudományos ambícióit. Egyre azt az alapelvet kereste, amelynek segítségével az életjelenségeket egységesen és szigorúan tudományos alapon meg lehetne magyarázni. Elképzelése szerint az életjelenségek megértésének kulcsát csak az energetikai alapon nyugvó tárgyalás adhatja meg, ezek matematikai összefüggéseit kutatta. Életének fő munkálatairól a Magyar Tudományos Akadémia kiadásában megjelent, de a tizedik közleménynél halála miatt megakadt „Az élőlények fejlődése szabályosságának a magyarázata” c. tanulmánysorozata számol be. Ezen túl elméleti biológiai kutatásokkal, illetve növényfiziológiával és mikrobiológiával is foglalkozott. A pályatársakkal gyakran polemizáló, sok eredeti gondolatot magáénak mondható, rendkívüli precizitással jellemezhető Kövessi Ferencet tekinthetjük a hazai biofizikai kutatások megalapozójának. Közel 70 tudományos publikációja közül sok idegen nyelven, jórészt franciául, többnyire a Francia Tudományos Akadémia támogatásával látott napvilágot. Külön említésre méltók francia és magyar nyelven írott könyvei, jegyzetei, önálló kiadványai. A Magyar Természettudományi Társulat Növénytani Szakosztályának alelnöke volt, a magyar turistaság elkötelezett hívét tisztelhetjük benne. Bartha Dénes – Mastalírné Zádor Márta (Az erdészeti felsőoktatás 200 éve emlékkönyv Selmecbánya 1808 - Sopron 2008. 1. köt. Sopron: NymE Erdőmérnöki Kar, 2008. p. 221-304.)
Érolasziban (Bihar megye) született 1875. március 18-án. A reáliskola elvégzése után tanulmányait az 1891-1894. években a debreceni gazdasági tanintézetben folytatta, majd 1894-1895-ben a budapesti felsőbb szőlő- és borgazdasági tanfolyamot is elvégezte.