A Dráva és a Duna ártéri területei Közép-Európa utolsó háborítatlan vizes élőhelyei közé tartoznak. A Baja városát átölelő Gemenc térsége Európa egyik legnagyobb és legértékesebb folyó ártéri területe. A határokon átnyúló természeti és kulturális értékek megőrzése érdekében Magyarország és a Horvát Köztársaság védett területeket alakított ki a folyók mentén.
Magyarországon a Duna-Dráva Nemzeti Park területe ötvenezer hektár a két folyó mentén. Horvátországban, a Duna mentén elterülő 23 ezer hektáros Kopácsi-rét a legértékesebb terület. A Duna-Dráva Nemzeti Park és a Kopácsi-rét Natúrpark az európai természetvédő szervezettel, a European Centre for Nature Conservationnel együttműködve, kísérleti projektet dolgozott ki. A két ország természetvédelmi szervezetei közös adatbázist hoztak létre, és működtetnek, megteremtve a határon átnyúló ökológiai hálózat alapját. A védett növények közül a holtágak igazi éke a fehér tündérrózsa, a májusban mindent elborító tündérfátyol és a súlyom. A csendesebb morotvákban található a mételyfű és a jégkori maradvány rucaöröm. Jellegzetes ritka növény a villás sás. A Duna zátonyain csigolya bokorfüzesek és mandulalevelű bokorfüzesek találhatók. Védett növény a nyári tőzike és a kockás kotuliliom is. Jellemző az egyes szubmediterrán növényfajok szórványos megjelenése: a borostás sásé vagy például a fürtös gyűrűvirágé. Az Alsó-Duna-völgy talán legnevezetesebb növénye a bennszülött fekete galagonya.
A Duna magyarországi alsó szakaszán ma még fellelhető a kecsege és a menyhal. A holtágak és mellékágak gyakori ragadozója a csuka, és megtalálható a jász, illetve a dévér keszeg. A hüllők közül a legjelentősebb kiterjedésű populáció a mocsári teknősé és a vízisiklóé. A védett terület igazi értéke a fajokban roppant gazdag madárvilág. A legértékesebbek a fekete gólya és a réti sas. Megtalálható még a szürke gém, a kis kócsag, a bakcsók és a nyári lúd. A vadmacska a zavartalanabb erdőrészekben mindenütt előfordul. Az itt élő gímszarvas genetikai adottságai kiemelkedők, méltán lett világhírű.