Az ellenzők szerint ugyanakkor a növényi eredetű üzemanyagok használata környezeti szempontból akkor is fenntarthatatlan, ha azokat történetesen repülőgép-hajtóművekben égetik el.
A Policy Exchange intézet tanulmánya - amelyet a BBC ismertetett - azt állítja, hogy a bioüzemanyagok előállítását és alkalmazását szolgáló európai támogatásokat a repülőgépipar átalakítására kellene koncentrálni. Itt ugyanis a pénz sokkal hatékonyabban hasznosulna, ráadásul olyan kibocsátás-növekedést előzne meg, amelyre egyébként nagy valószínűséggel számítani lehet.
Az autógyártást, az energiaszektort és az ipart - vagyis a legnagyobb széndioxid-kibocsátókat - már ma is viszonylag szigorú előírások kényszerítik a gáztermelés csökentésére, a repülésben viszont ilyesmi egyelőre nem létezik, az ágazat a széndioxid-kereskedelmi rendszerből is kimaradt. Tény ugyan, hogy a légi közlekedés ma még nem számít nagy kibocsátónak - mindössze a globális széndioxidtermelés 2 százalékáért felelős -, ám a részesedése dinamikusan növekszik. A bővülés mértéke évi 2,5 százalék ami azt jelenti, hogy a szektor kibocsátása a Nemzetközi Energia Ügynökség számítása szerint 2030-ra megduplázódik. Amennyiben a repülést sikerülne átállítani a bioüzemanyagok használatára, akkor ezt a prognosztizálató növekedést meg lehetne akadályozni
Valószínűleg a repülőgépmotorok hatékonyságában is vannak még tartalékok (az autóipar a motorok átalakításával folyamatosan csökenti az egy kilométerre jutó légszennyezést), ám az igazán nagy ugrást a bioüzemanyagok bevezetése jelentené - ezek ugyanis nem növelik a légköri széndioxid mennyiségét (csak annyit engednek belőle a levegőbe, amennyit az alapanyagukul szolgáló növények előzőleg kivontak onnan).
A légi közlekedésben már történtek kísérletek a bioüzemanyagok használatára, az eredmények azonban nem voltak meggyőzőek. A Virgin légitársaság egyik Boeing gépe (pontosabban a négy hajtómű egyike) részben növényi olajjal repült (a 100 százalékos biodízel-használat nem lehetséges, mivel a növényi olajok a nagy magasságban tapasztalható erős fagyban megdermednek). Korábban egy Airbust repítettek próbaképen biogázból csepfolyósított üzemanyaggal.
A Föld Barátai nevű szervezet máris kritikával illette a felvetést. A zöldek szerint a repülés korlátozása, valamiféle széndioxid-adó bevezetése sokkal hatékonyabban csökkentené az ágazat széndioxid-kibocsátását, mint a bioüzemanyagok bevezetése. Utóbbi ugyanis átttételesen az erdőirtáshoz is hozzájárul - márpedig az erdők kivágása már ma is 15-20 százalékkal részesedik a széndioxid-termelés növeléséből. Hargitai Miklós