Az új szisztémáról szóló törvényről a köztársasági elnök az Alkotmánybíróságtól sürgősségi normakontrollt kért, de az ügy hosszú hónapok óta a testület asztalán fekszik. A kormány azt állítja, hogy ha az Alkotmánybíróság alapvető kifogásokat fogalmazna meg a bevezetést lehetővé tévő törvénnyel kapcsolatban (vagyis azokat nem lehetne a jogszabály módosításával orvosolni), akkor Magyarország visszaléphet a most alkalmazott, területalapú agrártámogatási rendszerbe.
Az új támogatás bevezetése megosztja az agrártársadalmat és a politikát is. A Fidesz és a vele szövetséges Magosz, valamint több érdekképviselet a jelenlegi földalapú támogatási rendszert tartaná meg. Más agrárszervezetek a kormánynál azért lobbiztak, hogy vezessék be a farmtámogatásnak is hívott SPS-t. Ez alapvetően a gazdálkodó 2006-ban meghatározott üzemmérete alapján adja a pénzt, a támogatás így függetlenedik az aktuális termeléstől, míg a jelenlegi SAPS-rendszerben a támogatás alapvetően attól függ, hogy a gazda az adott évben mekkora területen mit termel. Az országnak jutó uniós agrártámogatások összegét érdemben nem befolyásolja az, hogy melyik rendszert használjuk.
Gráf József agrárminiszter szerint az SPS bevezetése jótékonyan hat majd a magyar agráriumra, ugyanis kiszámíthatóvá teszi az uniós támogatásokat a gazdálkodók számára. Ezzel szemben Jakab István Magosz-elnök szerint azzal, hogy a kormány bejelentette az új rendszerre történő átállást, nem tartotta tiszteletben Sólyom László államfő döntését, és megkérdőjelezte az Alkotmánybíróság függetlenségét is, hiszen még nem ismerik a testület álláspontját. A Fidesz szerint az SPS-rendszer nem igazságos, hanem éppen hogy a legigazságtalanabb rendszer, mert egyetlen esztendőhöz, a 2006. évi bázishoz köti a támogatások nagyságát. Gráf szerint uniós követelmény volt a támogatás alapját képező báziséi meghatározása, ez pedig csak elszámolt támogatású év lehet.
2009. július 30. - A kormány úgy döntött, hogy 2010 januárjától bevezeti az egységes mezőgazdasági támogatási rendszert (SPS).